Nous relayons cette soutenance de thèse qui vient du laboratoire RIBP, par Cédric Jacquard :

Julian Restrepo-Leal soutiendra sa thèse (co-direction USC RIBP et UMR FARE) intitulée “Optimizing Botryosphaeriaceae effector production to control their pathogenicity and to use their lignocellulolytic enzymes as a biorefinery tool” le 19 décembre 2024 à 9h au CREA.

Co-directrices Florence Fontaine (RIPB) et Caroline Remond (FARE).

Résumé : La viticulture est constamment sous la menace de maladies, notamment fongiques. Au cours des dernières décennies, les maladies du bois de la vigne (MDB), des pathologies très destructives, menaçant la pérennité du vignoble, sont en pleine expansion. L'une des MDB les plus répandues dans le monde est le dépérissement à Botryosphaeriacées. Les champignons de cette famille utilisent de nombreuses armes biochimiques, y compris des enzymes dégradant les parois cellulaires des plantes (PCWDEs) et des métabolites secondaires phytotoxiques, pour coloniser la vigne. Nous souhaitions produire, purifier et caractériser des PCWDEs et des phytotoxines des Botryosphaeriaceae afin de mieux connaître les mécanismes qui sous-tendent leur pathogénicité et leur virulence. Nous cherchions également à tirer profit des Botryosphaeriaceae pour obtenir de nouvelles enzymes lignocellulolytiques qui pourraient être utiles au bioraffinage végétal. En utilisant des comparaisons génomiques, nous avons mis en évidence la richesse des enzymes actives sur les glucides (CAZymes), potentiellement impliquées dans la dégradation des parois cellulaires des plantes, dans le génome de Neofusicoccum parvum. Lorsqu'il est cultivé dans des fermentations en milieu liquide, N. parvum peut produire de nombreuses CAZymes et métabolites secondaires, notamment dans des milieux de croissance contenant des biomasses lignocellulosiques. Par ailleurs, nous avons établi une méthode de purification de la phytotoxine (R)-melléine en utilisant une approche innovante via la chromatographie de partage centrifuge. Enfin, nous avons également débuté une approche visant la production hétérologue de trois nouvelles CAZymes : une acétylxylane estérase, une pectate lyase et une cellulase encore non caractérisée. Dans l'ensemble, nos résultats ont permis de mieux comprendre l'influence de la biomasse lignocellulosique sur l'expression des facteurs de pathogénicité et de virulence chez N. parvum. Cette étude pourrait également être utile pour découvrir des enzymes plus efficaces pour des applications industrielles.